La baie de San Francisco a été cartographiée par l'explorateur espagnol Juan de Ayala en 1775, qui fut le premier Européen à naviguer à travers le détroit du Golden Gate.
Les 1 240 kilomètres carrés (479 miles carrés) d'eaux navigables de la baie et sa position en tant que plus grand port naturel du continent à l'ouest du Mississippi en ont fait le point central de la ruée vers l'or californienne au XIXe siècle et le moteur du commerce dans le Pacifique pendant des générations. Aujourd'hui, les chartes privées au départ de Fisherman's Wharf et du Pier 39 traversent les mêmes couloirs de navigation que ceux empruntés autrefois par les clippers, les ferries et les flottes navales, offrant un accès direct au pont suspendu emblématique du détroit et aux courants d'eau froide du littoral du Pacifique.
Le Golden Gate Bridge, achevé en 1937 après quatre ans de construction dans des conditions de marée périlleuses, s'élève à 227 mètres (746 pieds) au-dessus de l'eau au niveau de ses tours. Joseph Strauss, l'ingénieur en chef, a conçu une portée capable de résister à des vents dépassant 160 km/h (100 mph) et à des flux de marée qui changent de direction quatre fois par jour. Les visites privées en bateau naviguent sous ses tours Art déco et ses câbles de suspension, traversant la ligne où l'estuaire saumâtre de la baie rencontre l'océan ouvert. Les voiliers et catamarans s'adaptent aux courants qui atteignent 6 nœuds pendant l'échange des marées, tandis que les navires à moteur restent en station près d'Alcatraz Island, d'Angel Island State Park et des Marin Headlands.
Fisherman's Wharf est devenu le centre de pêche commerciale de la ville dans les années 1850, lorsque des immigrants italiens ont établi des installations de transformation et des postes d'amarrage le long du front de mer nord. Le Pier 39, construit en 1978 sur le site d'un terminal de fret, sert désormais de point de départ pour la plupart des chartes dans la baie. Les opérations de visites privées en bateau à San Francisco vont des traversées de deux heures du Golden Gate aux sorties à la demi-journée qui contournent Alcatraz et se poursuivent dans Richardson Bay. Les navires de location comprennent des goélettes historiques, des catamarans de course et des yachts à moteur fermés équipés pour les événements de groupe. Les capitaines naviguent à travers les bancs de brouillard qui déferlent sur le Gate de mai à août, en respectant les protocoles de visibilité établis par le service de trafic maritime des garde-côtes.
Les microclimats de la baie créent des couloirs de vent entre le Gate et le rivage oriental, avec des brises d'après-midi atteignant en moyenne 15 à 25 nœuds en été. Les chartes privées programmées entre 10:00 et 16:00 bénéficient de conditions matinales plus calmes et d'une lumière optimale pour photographier les tours « International Orange » du pont se détachant sur les Marin Headlands. Les navigations hivernales rencontrent les houles du Pacifique qui pénètrent par le Gate, tandis que le printemps et l'automne offrent des mers modérées et une lumière du jour prolongée pour les départs au coucher du soleil.
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